只罚款员工，是否合法？

不合法。公司非行政机关，无权对员工罚款。《行政处罚法》规定，罚款是行政机关的处罚手段。若公司擅自罚款，可能损害员工权益，影响员工积极性，甚至引发劳动争议。
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不合法，应换方式。具体操作：1.劳动合同中明确工作任务和最低工资，但不得低于法定标准；2.制定员工手册，规定违纪行为和相应处罚，需公示并让员工签字同意；3.设立奖金制度，如全勤奖，员工未达标则不发奖金，以此作为管理手段。
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公司可采取其他合法方式处理。如：在劳动合同中约定最低工资标准；制定员工手册明确违纪处罚，需员工同意；或设定奖金规则，以奖代惩。选择时应考虑公司实际情况和员工接受度，确保合法且有效。